La gran cantidad de personajes y el desarrollo de los mismos fueron uno de los atractivos de la serie original. De hecho, a lo largo de las 5 temporadas pudimos a ver a múltiples equipos, tanto de héroes como de villanos.
La alineación principal de los X-Men se conformaba por
- Cíclope,
- Wolverine
- Tormenta
- Jean Grey, Rogue
- Bestia
- Gambito
- Júbilo y
- El Profesor X.
Ellos eran los personajes más destacados del programa y los héroes principales que protagonizaban la historia. Otro equipo de héroes era X-Factor, que incluía a mutantes como
- Havok
- Quicksilver
- Polaris.
Asimismo, Alpha Flight tenía integrantes como:
- Northstar
- Aurora
- Vindicator y
- Sasquatch.
Nightcrawler, Psylocke, Angel, Banshee, Scarlett Witch, entre otros eran aliados de los protagonistas. Por el lado de los villanos, la Hermandad de Mutantes tenía en sus filas a personajes como Mystique, Pyro y Blob. Pero durante toda la serie los X-Men lucharon contra enemigos como Magneto, Omega Red, a los Centinelas, Mr. Siniestro e incluso Apocalipsis. Es importante destacar que muchos personajes evolucionaron en el transcurso de la serie. Por tal razón, mutantes que comenzaron como antagonistas se han vuelto aliados de los héroes. Del mismo modo, las alineaciones de los distintos equipos también cambiaron con el tiempo.